Prozor za pretraživanje i zamjenu otvaramo kombinacijom tipki Ctrl+K, a nakon toga u okvir Traži: unosimo riječ ili izraz koji želimo zamijeniti.
Pritiskom na gumb Traži prikazat će se sve odgovarajuće pojavnice.
U okvir Zamijeni ovim: upišite novu riječ ili frazu (i to ne kao regularni izraz, jer to nije podržano), a zatim odaberite jednu od sljedećih funkcija na dnu prozora:
Zamijeni sve: zamjena svih pojavnica (nakon prikaza prozora za potvrdu s brojem pojavnica).
Zamijeni: zamjena pojavnice po pojavnicu putem gumba u zaglavlju okna za obradu. Koristite gumbe Zamijeni sljedeći ili Preskoči već prema potrebama, a nakon obavljanja potrebnih zamjena pritisnite Završi.
Zatvori: zatvaranje prozora bez obavljanja izmjena.
Mogućnosti pretraživanja slične su onima u prozoru za pretraživanje.
Razlika je samo u jednoj, tj. u mogućnosti pretraživanja i mijenjanja nizova i u segmentima koji još nisu prevedeni označavanjem funkcije Neprevedeno.
OmegaT to omogućava (unatoč činjenici da se pretraživanje i zamjena obavljaju isključivo u memoriji) kopiranjem izvorišnih segmenata u odredišne prije obavljanja zamjene sadržaja. Segmenti u kojima nije obavljena zamjena se „prazne”, tj. ostaju neprevedeni.