data/libstatgen-1.0.14/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Doxyfile: ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/Makefile: automake makefile script, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.base: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.common: makefile script, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.ext: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.extlib: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.help: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.lib: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.src: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.test: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.tool: ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.toolchain: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.wholepackage: automake makefile script, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.include: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/Makefiles/Makefile.footer: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/README.txt: ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/bam/BamIndex.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/BamIndex.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/BamInterface.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/BamInterface.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/COPYING: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/CigarHelper.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/CigarHelper.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/GenericSamInterface.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/GenericSamInterface.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/Makefile: ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/bam/Makefile.depends: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/Pileup.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/PileupElement.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/PileupElement.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/PileupElementBaseQual.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/PileupElementBaseQual.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/PosList.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/PosList.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamCoordOutput.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamCoordOutput.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFile.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFileHeader.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFileHeader.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFilter.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFilter.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamFlag.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderHD.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderHD.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderPG.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderPG.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderRG.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderRG.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderRecord.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderRecord.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderSQ.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderSQ.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderTag.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHeaderTag.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamHelper.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamInterface.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamInterface.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamQuerySeqWithRefHelper.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamQuerySeqWithRefHelper.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecord.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecordHelper.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecordHelper.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecordPool.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamRecordPool.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamReferenceInfo.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamReferenceInfo.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamStatistics.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamStatistics.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamStatus.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamTags.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamTags.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamValidation.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/SamValidation.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/Makefile: automake makefile script, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/pileup/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/pileup/Main.cpp: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/pileup/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/printRefPositions/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/printRefPositions/Main.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/printRefPositions/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/printRefPositions/PrintRefPositions.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/printRefPositions/PrintRefPositions.h: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/examples/printRefPositions/expected/test.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/BamIndexTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/BamIndexTest.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/Main.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/Modify.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/Modify.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/ModifyVar.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/ModifyVar.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/ReadFiles.cpp: C source, ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/bam/test/ReadFiles.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/SamFileTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/SamFileTest.h: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/ShiftIndels.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/ShiftIndels.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestCigarHelper.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestCigarHelper.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestEquals.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestEquals.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestFilter.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestFilter.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestPileup.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestPileup.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestPosList.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestPosList.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestSamCoordOutput.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestSamCoordOutput.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestSamRecordHelper.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestSamRecordHelper.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestSamRecordPool.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestSamRecordPool.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestValidate.cpp: C source, ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/bam/test/TestValidate.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/ValidationTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/ValidationTest.h: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/WriteFiles.cpp: C source, ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/bam/test/WriteFiles.h: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/TestSamCoordOutput.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/addedTagToBam.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 629 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/addedTagToBam.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/addedTagToSam.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 629 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/addedTagToSam.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/TestSamCoordOutput.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/addedTagToBam.bam: SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map), with 23 reference sequences data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/addedTagToSam.bam: SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map), with 23 reference sequences data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/samTest.log: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/testEqWithBases.bam: SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map), with 23 reference sequences data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/testEqWithEq.bam: SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map), with 23 reference sequences data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/testEqWithOrig.bam: SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map), with 23 reference sequences data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/testShift.bam: SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map), with 23 reference sequences data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/noZlib/updateTag.bam: SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map), with 23 reference sequences data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/samTest.log: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/testEqWithBases.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 786 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/testEqWithBases.sam: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/testEqWithEq.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 783 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/testEqWithEq.sam: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/testEqWithOrig.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 878 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/testEqWithOrig.sam: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/testShift.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 588 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/testShift.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/updateTag.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 761 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/updateTagFromBam.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/expected/updateTagFromSam.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/results/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/test.sh: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/chr1_partial-bs.umfa: data data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/chr1_partial.fa: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/sortedBam.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 780 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/sortedBam.bam.bai: SAMtools BAI (BAM indexing format), with 23 reference sequences data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testBam.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 773 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testEq.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 878 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testEq.sam: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testSam.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testSamSOcoord.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), with header version 1.0 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testSamSOinvalid.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), with header version 1.0 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testSamSOquery.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), with header version 1.0 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testShift.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 427 data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testShift.sam: Sequence Alignment/Map (SAM), ASCII text data/libstatgen-1.0.14/bam/test/testFiles/testVar.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 655 data/libstatgen-1.0.14/copyrights/LICENSE.md5: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/BaseComposition.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/BaseComposition.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/BaseCount.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/BaseCount.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/COPYING: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/FastQFile.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/FastQFile.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/FastQStatus.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/FastQStatus.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/Makefile.depends: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/test/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/test/FastQFileTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/test/FastQValidatorTest.sh: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/test/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/test/README.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/test/expectedResults/ExpectedResultsFastqTestResults.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/fastq/test/testFile.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BaseAsciiMap.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BaseAsciiMap.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BaseQualityHelper.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BaseQualityHelper.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BaseUtilities.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BaseUtilities.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BasicHash.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BasicHash.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BgzfFileType.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BgzfFileType.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BgzfFileTypeRecovery.cpp: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/BgzfFileTypeRecovery.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/CSG_MD5.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/CharBuffer.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/CharBuffer.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Chromosome.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Cigar.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Cigar.h: C++ source, UTF-8 Unicode text data/libstatgen-1.0.14/general/CigarRoller.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/CigarRoller.h: C++ source, UTF-8 Unicode text data/libstatgen-1.0.14/general/Constant.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Error.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Error.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/ErrorHandler.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/ErrorHandler.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/FileType.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/FileType.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/FortranFormat.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/FortranFormat.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Generic.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Generic.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GenomeSequence.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GenomeSequence.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GenomeSequenceHelpers.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GenotypeLists.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GenotypeLists.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GreedyTupleAligner.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GzipFileType.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GzipFileType.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GzipHeader.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/GzipHeader.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Hash.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Hash.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/IndexBase.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/IndexBase.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/InplaceMerge.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Input.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Input.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/InputFile.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/InputFile.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/IntArray.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/IntArray.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/IntHash.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/IntHash.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/LICENSE.twister: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/LICENSE.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/LongHash.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/LongInt.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/LongLongCounter.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/LongLongCounter.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Makefile.depends: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MapFunction.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MapFunction.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MathConstant.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MathMatrix.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MathMatrix.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MathVector.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MathVector.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryAllocators.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryAllocators.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryInfo.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryInfo.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMap.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMap.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MemoryMapArray.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MiniDeflate.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/MiniDeflate.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/NonOverlapRegions.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/NonOverlapRegions.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PackedVector.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Parameters.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Pedigree.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeAlleleFreq.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeAlleleFreq.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeAlleles.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeDescription.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeDescription.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeFamily.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeFamily.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeGlobals.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeGlobals.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeLoader.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreePerson.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreePerson.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeTrim.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PedigreeTwin.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Performance.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PhoneHome.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/PhoneHome.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/QuickIndex.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/QuickIndex.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Random.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Random.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/ReferenceSequence.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/ReferenceSequence.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/ReusableVector.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.cpp: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/STLUtilities.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/SimpleStats.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/SmithWaterman.cpp: C source, ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/general/SmithWaterman.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Sort.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Sort.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StatGenStatus.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StatGenStatus.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/String.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringAlias.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringAlias.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringArray.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringArray.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringBasics.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringBasics.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringHash.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringHash.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringMap.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/StringMap.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Tabix.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Tabix.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/TrimSequence.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/UncompressedFileType.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/UncompressedFileType.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/UnitTest.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/glfHandler.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/glfHandler.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/obj/README.txt: ASCII text, with no line terminators data/libstatgen-1.0.14/general/test/Chromosome_test.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/GenomeSequence_test.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/GreedyTupleAligner_test.cpp: C++ source, ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/general/test/STLUtilities_test.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/TrimSequence_test.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/baseUtilitiesTest/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/baseUtilitiesTest/BaseUtilitiesTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/baseUtilitiesTest/BaseUtilitiesTest.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/baseUtilitiesTest/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/cigar/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/cigar/CigarRollerTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/cigar/CigarRollerTest.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/cigar/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/Main.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/expected/results.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/testFiles/chr1_partial-bs.umfa: data data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/testFiles/chr1_partial.fa: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/testFiles/dbsnp.vcf: Variant Call Format (VCF) version 4.1, ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/general/test/dbsnp/testFiles/dbsnp.vcf.gz: gzip compressed data, was "dbsnp.vcf", last modified: Thu Sep 6 23:02:40 2012, from Unix, original size modulo 2^32 16049 data/libstatgen-1.0.14/general/test/gtest.cpp: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/InputFileTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/InputFileTest.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTest.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 64 data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTest.glf: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 64 data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTest.gz: gzip compressed data, from Unix, original size modulo 2^32 37 data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTest.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTest2.gz: gzip compressed data, was "InputFileTest2.txt", last modified: Fri Sep 7 00:43:18 2012, from Unix, original size modulo 2^32 57 data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTest2.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTestLarge.bam: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 104 data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTestLarge.glf: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 104 data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTestLarge.gz: gzip compressed data, was "InputFileTestLarge.txt", last modified: Wed Aug 14 14:21:17 2013, from Unix, original size modulo 2^32 65541 data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/InputFileTestLarge.txt: ASCII text, with very long lines, with no line terminators data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/textFile.gz: gzip compressed data, from Unix, original size modulo 2^32 55 data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/data/textFile.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/expected/results.log: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/inputFileTest/expected/resultsNoZlib.log: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/memoryMapArrayTest/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/memoryMapArrayTest/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/memoryMapArrayTest/MemoryMapArrayTest.cpp: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/memoryMapArrayTest/MemoryMapArrayTest.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/nonOverlapRegions/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/nonOverlapRegions/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/nonOverlapRegions/NonOverlapRegionsTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/nonOverlapRegions/NonOverlapRegionsTest.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/nonOverlapRegions/expectedNonOverlapRegionsTest.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/nonOverlapRegions/results/.gitignore: ASCII text, with no line terminators data/libstatgen-1.0.14/general/test/packedVectorTest/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/packedVectorTest/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/packedVectorTest/PackedVectorTest.cpp: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/packedVectorTest/PackedVectorTest.h: empty data/libstatgen-1.0.14/general/test/phiX.fa: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/referenceSequenceTest/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/referenceSequenceTest/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/referenceSequenceTest/ReferenceSequenceTest.cpp: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/referenceSequenceTest/ReferenceSequenceTest.h: empty data/libstatgen-1.0.14/general/test/reusableVector/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/reusableVector/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/reusableVector/ReusableVectorTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/reusableVector/ReusableVectorTest.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/string/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/string/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/string/StringTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/string/StringTest.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/string/testFiles/testFile.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/test_memmap_data.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/trimSequence/.gitignore: ASCII text, with no line terminators data/libstatgen-1.0.14/general/test/trimSequence/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/trimSequence/TrimSequence.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/test/Makefile: automake makefile script, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Parameters.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/general/Chromosome.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/COPYING: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfException.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfException.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfFile.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfFile.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfHeader.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfHeader.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfRecord.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfRecord.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfRefSection.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfRefSection.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfStatus.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/GlfStatus.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/Makefile.depends: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/.gitignore: ASCII text, with no line terminators data/libstatgen-1.0.14/glf/test/Main.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/ReadFiles.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/ReadFiles.h: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/Validate.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/Validate.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/WriteFiles.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/WriteFiles.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/glf/test/results/.gitignore: ASCII text, with no line terminators data/libstatgen-1.0.14/glf/test/testFiles/testGlf.glf: gzip compressed data, from Unix, original size modulo 2^32 219 data/libstatgen-1.0.14/include/.gitignore: ASCII text, with no line terminators data/libstatgen-1.0.14/samtools/COPYING: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/Makefile.depends: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/README.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/bam.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.c: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/bgzf.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/khash.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/knetfile.c: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/samtools/knetfile.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfFile.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfFile.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfFileReader.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfFileReader.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfFileWriter.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfFileWriter.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfGenotypeField.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfGenotypeField.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfGenotypeFormat.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfGenotypeFormat.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfGenotypeSample.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfGenotypeSample.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfHeader.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfHeader.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfHelper.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfHelper.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecord.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecord.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordDiscardRules.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordDiscardRules.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordField.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordField.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordFilter.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordFilter.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordGenotype.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordGenotype.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordInfo.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfRecordInfo.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfSubsetSamples.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/VcfSubsetSamples.h: C++ source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/Main.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/Makefile: ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfFileTest.h: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfHeaderTest.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/VcfHeaderTest.h: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/expected/vcfFileNoInfo.vcf: Variant Call Format (VCF) version 4.1, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/expected/vcfFileNoInfoBGZF.vcf: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 796 data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/expected/vcfFileNoInfoKeepGQHQ.vcf: Variant Call Format (VCF) version 4.1, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/expected/vcfFileNoInfoKeepGT.vcf: Variant Call Format (VCF) version 4.1, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/expected/vcfHeader.vcf: Variant Call Format (VCF) version 4.1, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/results/.gitignore: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/exclude2.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/excludeIDs.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/includeIDs.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/subset1.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/subset2.txt: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/testTabix.vcf: Variant Call Format (VCF) version 4.0, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/testTabix.vcf.bgzf: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 755 data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/testTabix.vcf.bgzf.tbi: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 107 data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/testTabixBadIndex.vcf.bgzf: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 755 data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/testTabixBadIndex.vcf.bgzf.tbi: Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible), block length 70 data/libstatgen-1.0.14/vcf/test/testFiles/vcfFile.vcf: Variant Call Format (VCF) version 4.1, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/changelog: UTF-8 Unicode text data/libstatgen-1.0.14/debian/control: UTF-8 Unicode text data/libstatgen-1.0.14/debian/copyright: UTF-8 Unicode text data/libstatgen-1.0.14/debian/libstatgen-doc.doc-base: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/libstatgen-doc.docs: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/libstatgen0.symbols: ASCII text, with very long lines data/libstatgen-1.0.14/debian/patches/Fix_compilation_error.patch: unified diff output, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/patches/Fix_compilation_flags.patch: unified diff output, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/patches/Remove_erroneous_deletes_in_Chromosome_constructor.patch: unified diff output, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/patches/series: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/rules: a /usr/bin/make -f script, ASCII text executable data/libstatgen-1.0.14/debian/salsa-ci.yml: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/source/format: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/upstream/metadata: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/debian/watch: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/.version: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/.quilt_patches: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/.quilt_series: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/applied-patches: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/Fix_compilation_error.patch/general/Parameters.cpp: C source, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/Fix_compilation_error.patch/general/Makefile: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/Fix_compilation_flags.patch/Makefiles/Makefile.include: makefile script, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/Fix_compilation_flags.patch/Makefiles/Makefile.footer: ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/Fix_compilation_flags.patch/general/test/Makefile: automake makefile script, ASCII text data/libstatgen-1.0.14/.pc/Remove_erroneous_deletes_in_Chromosome_constructor.patch/general/Chromosome.cpp: C source, ASCII text